Hyd at y 1940au roedd tai a ffermydd ardal Llanuwchllyn yn rhan o Stad Glan-llyn oedd yn eiddo i Syr Watkin Williams Wynne. Roedd Plas Glan-llyn yn cael ei ddefnyddio fel ‘shooting lodge’ gan ffrindiau Syr Watkin, gyda’r byddigion yn cael eu cludo ar y tren o’r stad yn Rhiwabon a glanio yn y Flag Station gyferbyn a’r Gwersyll. Roedd Glan-llyn Isa yn gartref i stiward y stad, y mwyaf diweddar ohonynt yn ddynes o’r enw Miss Cotton sydd yn cael ei chofio yn lleol fel rhywun yn gwisgo dillad ‘dynion’ – ‘plus fours’ a ‘het deerstalker’. Dyma lle byddai tenantiaid y stad yn mynd i dalu rhent.

Pan ddaeth Glan-llyn i ofal Urdd Gobaith Cymru yn y 1950au fe ddefnyddiwyd Glan-llyn Isa fel llety ar gyfer bechgyn (gyda’r merched yn cysgu yn y Plas), ac yna o’r 1960au ymlaen fe ddefnyddiwyd Glan-llyn Isa yn gartref i benaethiaid Glan-llyn a’u teuluoedd, gyda’r adeilad wedi ei rannu yn ddwy fflat. O tua 1990 ymlaen bu’r adeilad yn lety i ddegau o staff gweithgareddau y Gwersyll.

Yn dilyn datblygiadau a gwblhawyd yn 2020 mae  Glan-llyn Isaerbyn hyn yn ganolfan hunan-ddarpar - yn ddigon agos i fanteisio ar adnoddau y prif wersyll  ond hefyd ddigon arwahan i gynnig profiad o lety anibynnol.