Mae Glan-Llyn Isa wedi ei leoli o fewn tafliad carreg i Wersyll Glan-llyn, ar ymyl yr A494 rhwng tref y Bala a phentref Llanuwchllyn yng Ngwynedd. Mae golygfeydd godidog o Lyn Tegid a’r Aran Benllyn o’r ganolfan, sydd hefyd wedi ei lleoli ar ymyl Llwybr Tegid, sef llwybr cerdded sy’n gyswllt rhwng Gwersyll Glan-llyn a phentref Llanuwchllyn.